En el año 2004 se inauguró una nueva exposición permanente sobre el tema de religión, cultura e historia de los judíos en Holanda.
El memorial en el Hollandsche Schouwburg también es parte del Museo Histórico Judío.
Desde 1943, las sinagogas en las que se aloja actualmente el Museo, estuvieron sin servicio; en 1945, los edificios habían sido saqueados y los muebles habían desaparecido. Por eso, tuvieron que ser sometidos a una profunda restauración: en tanto que fue posible, los antiguos componentes fueron restaurados a su estado de finales del siglo XVIII. Los cuatro edificios fueron conectados con modernos materiales, como vidrio, acerco y hormigón, para mostrar que la transición de sinagoga a museo no fue un proceso gradual, sino que fue producto de una ruptura histórica.
El edificio de la Gran Sinagoga, la más antigua de las cuatro sinagogas que forman el complejo de edificios que aloja el Museo Histórico Judío, fue consagrado en 1671. La Obbene Shul fue construida en 1685-1686, sobre lo que había sido un antiguo mercado de carne. La Dritt Shuhl, la tercera sinagoga, fue construida alrededor de 1700, y contiene los servicios administrativos del museo, la única parte que no está abierta al público. Finalmente, la Nueva Sinagoga fue consagrada en 1752.
El Departamento Educativo del Museo intenta hacer la presentación de las colecciones accesibles a los visitantes de todas las edades, proporcionando programas para jóvenes y ancianos. Existen programas especiales para niños, adultos, familias, ancianos, escuelas primarias, secundarias, grupos religiosos y grupos de maestros y profesores.
El Museo proporciona visitas temáticas sobre la identidad judía, la religión y la historia de los judíos en Holanda, que también se extienden a las exposiciones temporales. También organiza visitas a los alrededores del distrito del Museo, el antiguo barrio judío de Ámsterdam, la industria de los diamantes y las instituciones religiosas, como la magnífica Sinagoga Portuguesa, frente al museo, analizando también la fascinante historia de la comunidad judía portuguesa de Ámsterdam. A cinco minutos del Museo se encuentra el Hollandsche Schouwburg, que después de la guerra se convirtió también en un monumento a las víctimas judías holandesas del Nacionalsocialismo.
La exposición para niños y escolares de primaria, centrada en la presentación de la cultura judía a partir de la visita a una representación de una casa, hace referencia a la tradición y la importancia del respeto por los demás. En cada uno de sus espacios se desarrolla una actividad: aprender a escribir caracteres hebraicos, cocinar, escuchar música o historias.
El programa de educación secundaria se centra en la definición del significado de ser judío, la vida religiosa de la comunidad judía, la presencia de los judíos en Holanda, su procedencia originaria, etc. Centrándose en la tradición judía, pasa revista a una serie de objetos y tradiciones que conforman la vida religiosa de esa comunidad, analizando también las diferencias culturales con el resto de la población.
Las colecciones del Museo recogen objetos y trabajos de arte asociados con la religión, cultura e historia de los judíos en Holanda y sus antiguas colonias. El Museo tiene unas 11.000 obras de arte, objetos ceremoniales e históricos, etc., aunque sólo el 5% está presentado en las exposiciones.
Además de la información documental, el Centro de Investigación, creado en 1975, también está compuesto por numerosos documentos históricos y fotografías, que cubren una gran variedad de sujetos asociados con la historia y la cultura judía en general, con más de 43.000 libros, folletos, documentos, fotos, material de audio y de vídeo. El Museo también publica sus investigaciones en esta colección. El Centro está abierto a estudiantes, investigadores y público en general.
Las historias personales e individuales son otro tema en el que se centra gran parte de la actividad del Museo. Documentos tales como diarios, cartas, fotos, entrevistas en vídeo, objetos personales, etc., testifican en profundidad sobre unos acontecimientos en las vidas de la población y las familias judías, mientras proporcionan una imagen auténtica de la historia del período.
